- Oggetto:
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CHIMICA ORGANICA COMPUTAZIONALE
- Oggetto:
COMPUTATIONAL ORGANIC CHEMISTRY
- Oggetto:
Anno accademico 2025/2026
- Codice attività didattica
- CHI0211
- Docenti
- Giovanni Ghigo (Titolare degli insegnamenti)
Andrea Maranzana (Titolare degli insegnamenti) - Corso di studio
- Laurea magistrale in chimica
- Anno
- 1° anno
- Periodo
- Primo periodo
- Tipologia
- Caratterizzante
- Crediti/Valenza
- 6
- SSD attività didattica
- CHEM-05/A - Chimica organica
- Erogazione
- Tradizionale
- Lingua
- Italiano
- Frequenza
- Facoltativa
- Tipologia esame
- Orale
- Prerequisiti
-
Conoscenza di base della chimica organica nei suoi aspetti chimico-fisici e meccanicistici. Argomenti fondamentali di termodinamica chimica.
Basic knowledge of the physico-chemical tools of mechanistic organic chemistry. Fundamental topics of chemical thermodynamics. - Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
La finalità del corso volge all’acquisizione da parte di studenti e studentesse degli strumenti di base per la trattazione modellistica su base quantitativa sia dell’equilibrio sia delle velocità di reazione in chimica organica. In particolare, i metodi teorici e computazionali trattati consentono l’ottenimento di dati termodinamici e cinetici per i quali è riconosciuto un ruolo (sia come tali, sia nel confronto con i dati sperimentali) nella elucidazione dei meccanismi. In taluni processi innovativi il modello teorico–computazionale può costituire la principale risorsa per la soluzione di problemi scientifici e applicativi.
Students attending the molecular modelling course will be acquainted with the basic knowledge of the most common tools used in the quantitative modelling of both equilibria and rates in organic chemistry. In particular, detailing the theoretical and computational methods allow the students to be able to determine the thermodynamic and kinetic quantities relevant to mechanistic studies. In innovative processes theoretical modelling may constitute the main resource to answer scientific questions and develope relevant applications.
- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
1. Conoscenze e capacità di comprensione: padronanza dei metodi di trattamento della reattività illustrati nel corso.
2. Utilizzazione delle conoscenze e capacità di comprensione: capacità operativa nella costruzione di un modello teorico-computazionale di un processo chimico.
3. Capacità di trarre conclusioni: capacità di analisi critica dei dati ottenuti con conseguente sintesi dei dati.
4. Abilità comunicative: gli studenti e le studentesse saranno in grado di comunicare con un preciso linguaggio scientifico sia il problema oggetto dell'indagine teorico-computazionale sia il risultato ottenuto e le sue conseguenze.
5. Capacità di apprendere: i metodi illustrati durante il corso renderanno in grado gli studenti e le studentesse di ottenere in modo autonomo la padronanza di metodi esistenti e lo sviluppo di nuovi.
1. Knowledge and understanding: mastering of the theoretical and computational methods on reactivity explained in this course.
2. Applying knowledge and understanding: operative abilities on devising a theoretical-computational model of a chemical process.
3. Making judgements: ability to analyze data obtained from a computational model and to achieve a synthesis of all the relevant informations.
4. Communication skills: students will be able to communicate with a precise scientific language both the subject of the theoretical-computational problem and the obtained results and their consequences.
5. Learning skills: the methods explained in this course will enable the students to autonomously succeed in utilizing the existing methods and developing new ones.
- Oggetto:
Programma
Lezioni teoriche in aula (4 CFU, 32 ore).
1. Il calcolo dell'energia elettronica dei sistemi molecolari. I metodi ab initio: l'approssimazione di Born-Oppenheimer, la funzione d'onda, il metodo Hartree-Fock e la Linear Combination of Atomic Orbitals (LCAO), i metodi Post-SCF (Ful-CI, MPx, CC). Cenni ai metodi SemiEmpirici e Meccanica Molecolare. Il metodo DFT ed i funzionali. I basis sets: Pople, Dunning, correlation-consistent, def2. Basi Electron-Core Potential. Il Basis-Set-Superposition-Error.
2. La superficie di energia potenziale. Superficie di energia potenziale di molecole biatomiche. PES di molecole poliatomiche. Punti critici sulla PES e loro caratterizzazione: minimi, strutture di transizione (TS), selle di ordine superiore, gradiente ed Hessiana. Geometria di un TS. Specie chimicamente stabili, intermedi di reazione e strutture di transizione. Rappresentazione della PES e diagramma di More O'Ferral. PES e spettroscopie. Calcolo di quantità termodinamiche: funzioni di partizione. Relazione tra PES, termodinamica e cinetica. Ottimizzazioni: metodi gradient descent, Newton e quasi-Newton. Autovalori ed autovettori della matrice Hessiana. PES complesse: esempi di biforcazione post-TS (PTSB)
3. Cinetica. Reazioni mono, bi e termolecolari: definizione, legge cinetica, unità di misura della costante di velocità, velocità limite. Dipendenza dal tempo, tempi di dimezzamento e di vita naturale con esempi. Equazione di Arrhenius normale e modificata. Espressione di Arrhenius per la dipendenza della costante cinetica dalla temperatura e dalla pressione. Linearizzazione dell'espressione di Arrhenius. Dipendenza della costante cinetica dalla temperatura nel caso di reazioni mono e bimolecolari; dipendenza inversa dalla temperatura con esempi. Teoria dello stato di transizione (TST) ed equazione di Eyring. Relazione tra TST e Arrhenius per reazioni mono e bimolecolari. Funzione di partizione traslazionale e stato standard. Funzione di partizione elettronica e stati eccitati. Esempi di studi cinetici. Quantum tunneling: approssimazione di Wigner, Eckart e SCT con esempi.
4. Solvente. Metodi del Continuum polarizzabile (PCM): definizione della cavità. Metodo COSMO-RS: profili-σ di soluto e solvente. Metodi a solvente esplicito: micro e macrosolvatazione. Confronto tra i vari metodi di solvatazione. Metodo ONIOM: definizione dei layer. Effetto catalitico dell’acqua.
5. Reazioni pericicliche. Richiamo delle reazione di cicloaddizione; reazioni elettrocicliche; reazioni sigmatropiche. Regole di Woodward e Hoffmann e diagrammi di correlazione
6. Reattività in fase gas. Ossidazione di molecole organiche: chimica radicalica. Reattività di alchil radical, ossil radicali e perossil radicali.
7. Fotochimica. Concetti base. Diagramma di Jablonsky. Velocità dei processi di assorbimento, emissione, conversione interna, intersystem crossing. Fotosensibilizzatori. Fotochimica di alcheni, dieni, carbonili. Foto riarrangiamenti: reazione Norrish type I e II
8. Esempi di applicazione della chimica computazionale allo studio di reazioni. Reattività del butenediale in fase gas, allo stato fondamentale e allo stato eccitato: confronto tra dati calcolati e studio sperimentale; ruolo catalitico dell’acqua; simulazione di spettri IR e calcolo dell’ISC. Degradazione di una tossina in soluzione: meccanismo di reazione e simulazione di spettri UV.
9. Sistemi diradicalici e diradicaloidi e stati eccitati. La stuttuta elettronica dei sistemi diradicalici e diradicaloidi. I Metodi multiconfigurazionali. La correlazione elettronica dinamica e non-dinamica nei sistemi closed shell e diradicalici/diradicaloidi. Gli stati eccitati ed il metodo TD-DFT.
10. Performance ed aspetti tecnici. Analisi e confronto dell’accuratezza e della precisione e dei tempi di calcolo dei vari metodi computazionali. Linee guida sulla scelta di funzionali e basis sets. Proprietà elettrostatiche.
11. Il metodo VBCM e la ricerca dei TS. Indicazioni sulla natura delle Strutture di Transizione (TS) dall’analisi Valence Bond Configuration Mixing (VBCM). Le coordinate di reazione ed i grafici di More-O’Ferrall. Linee guida sulle ipotesi e sulla costruzione delle Strutture di Transizione. Esercizi.
12. Nozioni essenziali per lo svolgimento delle esercitazioni. I programmi di chimica computazionale. Il Gaussian. La preparazione del file di input. Il ciclo di ottimizzazione. L'Hessiana e le righe numeriche.
Esercitazioni al calcolatore (2 CFU, 32 ore obbligatorie).
Utilizzo del programma Gaussian e del software grafico Gaussview per lo studio di sistemi chimici organici come: carbocationi: SN2 ed effetto solvente; reazioni di Hydrogen Atom Transfer; KIE, Kinetics vs Tdmc Control; VIS-UV col TD-DFT; Sistemi Diradicalici.
Classrom lessons (4 CFU, 32 ours).
1. The electronic energy of the molecular systems. ab initio methods: the Born-Oppenheimer approximation, the wave function, Hartree-Fock and the Linear Combination of Atomic Orbitals (LCAO), Post-SCF methods (Ful-CI, MPx, CC). SemiEmpirical and Molecular Mechanics methods (elements). The DFT method and the functionals. The basis sets: Pople, Dunning, correlation-consistent, def2. Basis setElectron-Core Potential. The Basis-Set-Superposition-Error.
2. The potential energy surface. Potential energy surface of diatomic molecules. PES of polyatomic molecules. Critical points on the PES and their characterization: minima, transition structures (TS), higher order saddles, gradient and Hessian. Geometry of a TS. Chemically stable species, reaction intermediates and transition structures. Representation of the PES and More O'Ferral diagram. PES and spectroscopies. Calculation of thermodynamic quantities: partition functions. Relationship between PES, thermodynamics and kinetics. Optimizations: gradient descent, Newton and quasi-Newton methods. Eigenvalues and eigenvectors of the Hessian matrix. Complex PES: examples of post-TS bifurcation (PTSB)
3. Kinetics. Mono, bi and thermolecular reactions: definition, kinetic law, units of the rate constant, limiting velocity. Time dependence, half-lives and natural life with examples. Normal and modified Arrhenius equation. Arrhenius expression for the dependence of the rate constant on temperature and pressure. Linearization of the Arrhenius expression. Dependence of the rate constant on temperature for monomolecular and bimolecular reactions; inverse temperature dependence with examples. Transition state theory (TST) and Eyring equation. Relationship between TST and Arrhenius for monomolecular and bimolecular reactions. Translational partition function and standard state. Electronic partition function and excited states. Examples of kinetic studies. Quantum tunneling: approximations by Wigner, Eckart and SCT with examples.
4. Solvent. Polarizable Continuum Methods (PCM): cavity definition. COSMO-RS method: solute and solvent σ-profiles. Explicit solvent methods: micro and macrosolvation. Comparison of the various solvation methods. ONIOM method: layer definition. Catalytic effect of water.
5. Pericyclic reactions. Recall of cycloaddition reactions; electrocyclic reactions; sigmatropic reactions. Woodward and Hoffmann rules and correlation diagrams
6. Gas phase reactivity. Oxidation of organic molecules: radical chemistry. Reactivity of alkyl radicals, oxyl radicals and peroxyl radicals.
7. Photochemistry. Basic concepts. Jablonsky diagram. Rate of absorption, emission, internal conversion, intersystem crossing processes. Photosensitizers. Photochemistry of alkenes, dienes, carbonyls. Photo rearrangements: Norrish type I and II reaction
8. Examples of application of computational chemistry to the study of reactions. Reactivity of butenedial in the gas phase, in the ground state and in the excited state: comparison between calculated data and experimental study; catalytic role of water; simulation of IR spectra and calculation of the ISC. Degradation of a toxin in solution: reaction mechanism and simulation of UV spectra
9. Diradical and diradicaloid systems and excited states. The electronic structure of diradical and diradicaloid systems. Multiconfigurational Methods. The electron correlation in closed shell and diradical/diradicaloid systems. The excited states and the TD-DFT method.
10. Performance and technical aspects. Analysis and comparison of the accuracy and precision and computation times of the various computational methods. Guidelines on the choice of functionals and basis sets. Electrostatic properties.
11. The VBCM method and the search for TS. Indications on the nature of Transition Structures (TS) from Valence Bond Configuration Mixing (VBCM) analysis. Reaction coordinates and More-O’Ferrall plots. Guidelines on the hypotheses and construction of Transition Structures.
12. Essential notions for carrying out the exercises. Computational chemistry programs. The Gaussian. The preparation of the input file. The optimization cycle. The Hessian and the number rows.
Calculator exercises (2 CFU, 32 ours, mandatory):
Use of the Gaussian program and the Gaussview graphic software for the study of organic chemical systems such as: carbocations: SN2 and solvent effect; Hydrogen Atom Transfer reactions; KIE, Kinetics vs Tdmc Control; VIS-UV with TD-DFT; Diradical Systems.
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Modalità di insegnamento
Il corso si svolgerà mediante lezioni in aula con esercizi (32 ore) ed esercitazioni al calcolatore in aula informatica (32 ore). Sebbene non obbligatoria, la frequenza alle lezioni è fortemente consigliata, soprattutto per le ultime due di preparazione al laboratorio.
NB: le esercitazioni al calcolatore sono obbligatorie.
Classroom lectures and exercises (32 hours), computer simulations in the lab (32 hours). Although not compulsory, attendance at the lessons is strongly recommended, especially for the last two of preparation for the laboratory.
NB: the exercises are mandatory.
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Modalità di verifica dell'apprendimento
Esercitazioni al calcolatore: 10 punti.
Valutazione della presenza e dell'impegno nelle esercitazioni al calcolatore e nell'accuratezza nella raccolta dei dati. Per ogni esercitazione verranno forniti dei fogli con le indicazioni sul sistema da studiare e sul metodo da usare e su cui dovranno essere riportati i risultati: energie e disegni delle strutture molecolari rilevanti.Lezioni in aula, modulo Ghigo: 10 punti.
L’esame inizia per tutti i presenti con un test che consiste nella preparazione dell'input per la ricerca della Struttura di Transizione di uno step di una reazione (eventualmente da bilanciare): disegno della Struttura ipotizzata (con gli artifici usati per dare l’impressione della tridimensionalità), numerazione degli atomi e definizione dell'Hessiana numerica e indicazione della carica e molteplicità (max 6 punti).
Seguirà l’esame orale con domande sugli argomenti dei punti 1, 9, 10 e 11 del programma. Valutazione della comprensione e della chiarezza espositiva (max 4 punti).Lezioni in aula, modulo Maranzana : 10 punti.
L’esame orale ha una durata di 20-30 minuti, con domande sugli argomenti dei punti 2 - 8 del programma. Gli/le studenti/studentesse dovranno dimostrare di aver compreso gli aspetti salienti dell’insegnamento, di aver acquisito una terminologia tecnica appropriata, di ragionamento, di collegamento tra le conoscenze acquisite, di giudizio critico in relazione alle tematiche affrontate a lezione.La somma dei tre voti costituisce il voto finale.
Computer exercises: 10 points.
Evaluation of attendance and commitment in computer exercises and accuracy in data collection.Classroom lessons, Ghigo module: 10 points. The exam begins for all those present with a test that consists in the preparation of the input for the search for the Transition Structure of a step of a given reaction: drawing (with the devices used to give the impression of three-dimensionality) of the hypothesized Structure, numbering of the atoms and definition of the numerical Hessian of a reaction (max 4 points). The oral exam will follow with questions on the topics of points 1, 9, 10 and 11 of the program. Evaluation of understanding and clarity of exposition (max 6 points).
Classroom lessons, Maranzana module: 10 points.
The oral exam lasts 20-30 minutes, with questions on the topics of points 2 - 8 of the program. Students must demonstrate that they have understood the salient aspects of the teaching, that they have acquired appropriate technical terminology, reasoning, connection between the knowledge acquired, critical judgment in relation to the topics covered in class.The summ of the three components constitutes the final evaluation.
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- Libro
- Titolo:
- Essential of Computational Chemistry
- Anno pubblicazione:
- 2004
- Editore:
- John Wiley & Sons, Ltd
- Autore:
- Christofer J. Cramer
- Obbligatorio:
- No
- Oggetto:
- Libro
- Titolo:
- Introduction to Computational Chemistry
- Anno pubblicazione:
- 2007
- Editore:
- John Wiley & Sons, Ltd
- Autore:
- Frank Jensen
- Obbligatorio:
- No
- Oggetto:
- Libro
- Titolo:
- Introduzione alla Chimica Organica Computazionale
- Anno pubblicazione:
- 2023
- Editore:
- EdiSES
- Autore:
- Andrea Bottoni
- ISBN
- Obbligatorio:
- No
- Oggetto:
Dispense disponibili su questo sito alla pagina "Materiale didattico".
Handouts available on this site on the "Teaching Materials" page.
- Oggetto:
Note
NB: La frequenza alle esercitazioni è obbligatoria e richiede l'iscrizione su questo sito all'insegnamento entro il 24 novembre 2025.
Gli/le studenti/esse con DSA o disabilità, sono pregati di prendere visione delle modalità di supporto (https://www.unito.it
/servizi/lo-studio/studenti-e- studentesse-con-disabilita) e di accoglienza (https://www.unito.it/accoglie nza-studenti-con-disabilita-e- dsa) di Ateneo, ed in particolare delle procedure necessarie per il supporto in sede d’esame (https://www.unito.it/servizi/ lo-studio/studenti-e-studentes se-con-disturbi-specifici-di- apprendimento-dsa/supporto). Attending the exercises is mandatory.
Students with a disability should consult the information on support (https://www.unito.it
/servizi/lo-studio/studenti-e- studentesse-con-disabilita) and admission means (https://www.unito.it/accoglie nza-studenti-con-disabilita-e- dsa) of the Athenaeum, and in particular of the required procedures tu support the students while taking an exam (https://www.unito.it/servizi/ lo-studio/studenti-e-studentes se-con-disturbi-specifici-di- apprendimento-dsa/supporto). - Registrazione
- Chiusa
- Apertura registrazione
- 01/09/2025 alle ore 08:00
- Chiusura registrazione
- 14/12/2025 alle ore 12:00
- Oggetto:








